Warszawska Cytadela pozostaje obecnie w posiadaniu Wojska Polskiego – mieści się tam Dowództwo Wojsk Lądowych i 3 batalion zabezpieczenia Dowództwa Wojsk Lądowych, w skład którego wchodzi Kompania Reprezentacyjna Wojsk Lądowych.
18 października 2006 roku w Muzeum Tradycji Wojsk Lądowych w warszawskiej Cytadeli odbyło się uroczyste podpisanie „Listu Intencyjnego” w sprawie budowy nowej siedziby Muzeum Wojska Polskiego. Muzeum ma mieć 40 tys. metrów kwadratowych powierzchni wystawowej wraz z zapleczem. Prace budowlane mają rozpocząć się w 2015 i zakończyć w 2018. Otwarcie placówki w nowej lokalizacji ma nastąpić w 2020, w 100-lecie istnienia Muzeum Wojska Polskiego.
Oprócz budowy Muzeum Wojska Polskiego planowane jest przeniesienie na Cytadelę Wojskowego Biura Badań Historycznych, Centralnego Archiwum Wojskowego oraz Domu Żołnierza Polskiego.
Obecnie trwają, natomiast, prace nad przeniesieniem Muzeum Katyńskiego do nowej siedziby na terenie Cytadeli Warszawskiej. Projekt adaptacji budowli dla muzeum został wybrany 8 kwietnia 2010 r., kiedy to ogłoszone zostały wyniki konkursu na programowo-przestrzenną koncepcję Muzeum Katyńskiego. Muzeum Katyńskie stanowić będzie część narracji związanej z główną siedzibą Muzeum Wojska Polskiego.
Na terenie Cytadeli działa również Muzeum X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej będące oddziałem Muzeum Niepodległości (obecnie w przebudowie).
Jakby tego było mało, w środę 25 marca 2015 r. Premier Ewa Kopacz spotkała się z przedstawicielami rady i dyrekcji Muzeum Historii Polski w sprawie budowy tej placówki. Zadecydowano, że nowy gmach powstanie na terenie Cytadeli Warszawskiej w zespole muzealnym. Otwarcie nowego gmachu planowane jest na 11 listopada 2018 roku.
W efekcie – jak napisano w oficjalnym komunikacie Centrum Informacyjnego Rządu:
…powstanie w Warszawie nowe miejsce dedykowane polskiej historii i kulturze – Cytadela Muzeów (…) włączające w tkankę miasta niedostępny do tej pory ogromny zespół fortyfikacji.
W projekcie architektonicznym kompleksu muzealnego na Cytadeli (powstałego zanim podjęto decyzje o usytuowaniu tam Muzeum Historii Polski) przewidziano parkingi częściowo podziemne z 26 miejscami postojowymi dla autokarów, 452 miejscami dla samochodów osobowych (z wydzielonymi miejscami dla osób niepełnosprawnych, VIP-ów oraz pracowników muzeów) oraz odrębną strefą dla samochodów dostawczych i obsługi obiektu. Przewidziane jest również doprowadzenie specjalnej linii autobusowej.
Jak widać, na przestrzeni kilku najbliższych lat powstanie na Cytadeli muzealny moloch, którego funkcjonowanie będzie miało olbrzymi wpływ na najbliższe sąsiedztwo. Szczególnie dotkliwy będzie generowany ruch samochodów osobowych i autokarów a przede wszystkim konieczność zaparkowania wszystkich tych pojazdów. A przestrzeni, na której można zbudować parkingi (zarówno podziemne jak i naziemne) nie jest wcale tak dużo. Tymczasem dotychczasowy projekt przewidujący zaledwie 26 miejsc dla autokarów to kompletne nieporozumienie.
Oczywista jest potrzeba wprowadzenia zmian do architektonicznego projektu kompleksu muzealnego (po tym jak podjęto decyzję o budowie MHP). Tyle tylko, że z pustego i Salomon nie naleje – jak wiadomo. A wokół Cytadeli nie ma gdzie upchnąć parkingów. Chyba, że planowane są one pod ziemią wewnątrz kompleksu muzealnego. Byłoby to rozwiązanie najlepsze, ale niewątpliwie bardzo kosztowne. A więc mało prawdopodobne.
Ale jeśli jakimś cudem powstaną parkingi podziemne, to należy mieć nadzieję, iż nie skończy się jak na Stadionie Narodowym, gdzie ze względów bezpieczeństwa parkować nie można.
